De geschiedenis van de Palo Santo gaat terug tot precolumbiaanse beschavingen. De Inca’s gebruikten heilig hout in hun religieuze rituelen om hun goden eer te bewijzen. Het wordt tegenwoordig gebruikt in de Andes van Peru door sjamanen in Ayahuasca ceremonies, waarbij ze een infusie van Palo Santo serveren aan de deelnemers zodat ze hun lichaam en geest kunnen zuiveren.